Parte del trabajo de este grupo está relacionado con modelar la biología del cáncer. En este artículo buscamos reconstruir a partir de datos experimentales de expresión la red de regulación genética de células de cáncer de mama.

Una pregunta fundamental para conocer el cáncer de mama es: ¿cómo se regula la expresión genética en esta enfermedad?

Las redes de regulación genética son responsables de los delicados mecanismos que controlan la expresión genética. Bajo ciertas circunstancias, los programas de regulación genética pueden dar lugar a cascadas de amplificación. Tales cascadas de transcripción son eventos en los que la activación de factores de transcripción (proteínas que prenden y apagan otros genes, FT) clave, que son llamados Reguladores Transcripcionales Maestros (TMRs) desencadenan una serie de eventos de expresión génica. La acción de los reguladores maestros de la transcripción es entonces importante para el establecimiento de ciertos programas como el de desarrollo y de diferenciación celular. Sin embargo, tales cascadas también se han relacionado con la aparición y establecimiento de fenotipos cancerosos. Este trabajo busca estos FT que afectan, directa o indirectamente, aquellos genes fundamentales para la expresión de cierto tipo celular específico (firma molecular), en este caso, el del cancer de mama.

Para analizar los flujos de interacción entre los factores de transcripción y sus blancos hemos creado este diagrama de flujo conocido como diagrama de Sankey.

En la extrema izquierda de la gráfica se encuentran todos los factores de transcripción y del lado derecho están los genes que forman la firma molecular además del resto de los genes. En el centro podemos ver algunas de las características de estos FT: la segunda columna nos dice en qué parte de la célula se encuentra y la tercera con qué fenómeno biológico está asociado.

Este es un trabajo en desarrollo. Por ejemplo: nos falta usar el grosor de las conexiones para representar la proporción de elementos que interactúan entre un extremo y otro de la gráfica. También tenemos una versión en la que usamos color para distinguir los estadíos intermedios en el flujo. Acá está el código fuente. ¡Vuelve pronto para ver la versión final!