PubMed es una base de datos de referencias bibliográficas acerca de ciencia biomédica y biológica. Es un recurso excelente, mucha investigación de vanguardia empieza ahí, con una revisión de bibliografía.

Un aspecto interesante de las referencias bibliográficas de PubMed es que van categorizadas con MeSH-terms: un vocabulario controlado que consiste de conjuntos de términos especializados, organizados por expertos.

El año pasado publicamos este artículo acerca de redes de palabras clave en artículos en PubMed. Además de por su interfaz web se puede consultar la base de datos a través de su interfáz programática. Usándola desarrollamos software capaz de extraer fichas bibliográficas y a partir de ellas conectar MeSH-terms para consturir redes de conceptos. Usamos esas redes para estudiar la estructura y dinámica de la investigación en torno a medicina genómica durante los últimos 25 años.

Ese software podría tener más uso. Por ejemplo, podría usarse para construir redes de artículos conectados por las palabras clave que comparten. Una red así podría servir para ubicar qué artículos son importantes respecto de algún tema específico, o de una búsqueda particular.

Pero le falta refinación, algunos de los scripts están totalmente acoplados a los datos que fuimos generando, la mayoría sólo tienen interfaces de línea de comandos. Con relativamente poco esfuerzo podríamos generalizar y hacer más fácil el uso de nuestro conjunto de herramientas.

Por eso el LC3 convoca a un hackatón-datajam abierto en el que nos reuniremos y examinaremos el estado de esos programas, trazaremos un plan y nos pondremos a trabajar en refinarlos. ¡Colabora en nuestro primer hackatón!

¿De qué consiste el hackatón?

Se trata de una actividad horizontal e intensiva de desarrollo colaborativo de software libre, aplicado a investigación biomédica.

Nuestro compromiso es dar las explicaciones necesarias sobre todos los temas relevantes, hasta que los asistentes puedan involucrarse efectivamente en el desarrollo del proyecto. Esperamos que las explicaciones no tomen más de la mitad del tiempo, para que usemos la segunda mitad como taller y todos tengan oportunidad de participar directamente creando código, documentación, probando, etc.

¡Aprende -sin prisas- a minar PubMed, Python y la interesante biblioteca NetworkX, aprende a crear módulos de PSU Galaxy, aprende GIT, aprende UN*X!

Requisitos

  • Trae una laptop para que trabajes en ella
  • Confirma tu asistencia con un correo a rgarcia@inmegen.gob.mx o a lc3@inmegen.gob.mx

Cómo llegar

Esta es la dirección:

INMEGEN

Periférico Sur No. 4809 piso 5

Col. Arenal Tepepan

Delegación Tlalpan

Acá un conveniente mapa:

En openstreetmap